醫學大學附設醫院兒童神經醫療團隊，在兒童腦瘤及脊髓瘤、兒童癲癇、水腦症、脊椎裂、腦性麻痺、腦血管疾病、腦外傷、黏多醣、顱縫早合、及其他先天性與後天性神經系統疾病的診斷及治療漸趨完備。在醫療團隊密切合作下，病童獲得跨領域暨全人的高品質照護。整合兒童腦瘤及其他兒童神經肌肉疾病實驗室，醫療與研究品質亦居國內領先地位。在腦瘤的治療上，為國內各醫院主要的轉診中心，治療病童中不乏重、難、罕病例，於2018年獲得SNQ國家品質標章。兒童癲癇手術已達20例，具有發展前景。黏多醣上頸位脊髓減壓與固定手術及腦性麻痺腰薦位神經背根選擇性切斷手術也是我們的特色醫療。前者屬於重、難、罕手術，國內手術病例不多，本院近五年成功治療七例，其中四例是國際轉診。後者，腦性麻痺神經背根手術，雖然國內施行超過二十年，但在本院復活，整合手術觀念修正、機器人復健、及功能影像評估，治療效果獲得肯定，轉診增加。
為兒童神經醫療未來的長期發展，以兒童神經內外科、兒童神經復健、兒童精神科、神經影像專家、及相關實驗室等人力架構為主體下，臺北醫學大學附設醫院特於109年成立臨床治療、臨床研究、與基礎研究兼備的【兒童神經醫學中心】。