放射腫瘤科設立於西元1994年7月，創科主任為邱仲峯醫師。在學校董事會及醫院長官的全力支持下，我們不斷的引進最新設備，希冀給予病患更精確及更無副作用的放射線治療。
1994年 引進鈷60治療儀。 1995年 引進Varian 2100C/D多能量直線加速器。 1996年 引進頭部光子刀治療計劃系統及3D電腦治療計劃系統，先驅使用無框架式「頭部光子刀」。 1998年 臺北市立萬芳醫院委託臺北醫學大學辦理，腫瘤科由北醫邱主任率領團隊前往開科，並引進全身型光子刀，開始對肝癌的治 療， 並受邀至日本、德國及中國報告肝癌光子刀治療成效，北醫和萬芳醫院全國2002年開始將放射腫瘤科整合為腫瘤治 療中心，更引進與國外一流癌症中心同步的IMRT強度調 控放射線治療儀器及技術。 2002年 與M.D. Anderson Cancer Center放射腫瘤科建教合作(西元2003-2008)，指派專人赴美受訓，積極與國內外一流的癌症中 心接軌。 2003年 成立腫瘤治療中心聯合門診，團隊開始運作。 2007年 導航式光子刀(IGRT)獲得國家品質標章。 2008年 成為放射治療電腦計劃輔助系統IKOE亞洲訓練中心。 2009年 全國先驅使用弧形刀(VMAT)治療。 2010年 擴大成立癌症醫院大樓，並陸續引進360o弧形刀與最新式的導航式螺 旋斷層刀（Tomotherapy）新治療技術。此兩種新式 技術的引進，不只提高腫瘤的治癒率或控制率，也可以大幅降低患者再接受放射線治療期間所發生的副作用，提高患者治療後 的生活品質。 2013年 4D VMAT。 2013年 正式成立「臺北癌症中心」，由彭汪嘉康院士擔任院長，邱仲峯醫師為副院長。 2014年 先驅引進磁振導航超音波熱治療新技術(MRgFUS)。
2018年 引進先進的超導型質子治療設備。
2019年 邱仲峯教授榮陞「臺北癌症中心」院長，李欣倫醫師接任科主任。
2021年 邱仲峯教授榮陞「臺北醫學大學附設醫院」院長。
2022年 超導型質子治療設備開始為癌症病友提供世界一流的醫療技術和全人醫療照護服務。
※ 臺北醫學大學附設醫院放射腫瘤科『影像導航式光子刀治療』連續四年榮獲國家品質標章，本科致力於優化的病患治療獲得國家肯定。