臺北醫學大學附設醫院目前是台灣腎臟醫學會指定28家腎臟專科醫師訓練醫院其中之一，提供本院內科部第三年住院醫師繼續進修兩年腎臟次專科研究，使成為一位全方位的腎臟科主治醫師。包括北醫委託經營的市立萬芳及署立雙和醫院，其總訓練容額每年共有5名。北醫系統中共有14位專任且具有部定教職的腎臟科專科醫師，約佔全體專任腎臟專科醫師的6成，臨床工作部份，有腎臟科專科病房，腎臟超音波檢查每年約1400例，腎臟切片檢查每年約65例，也和本院移植小組共同作腎臟移植後的照護在100-105 年共有16例， 有完整的血液透析室與腹膜透析室，每月血液透析人次約為4000人次，約330位血液透析及70位腹膜透析長期患者，也為促進腎臟病理的學習與三家(附醫，萬芳，雙和)醫院交流， 每月皆有三院聯合病理討論會， 由台大許輝吉教授主持。 台北醫學大學附設醫院 腎臟科 的特色是提供以大學醫院 為基礎的工作環境，作為三院腎臟科的標竿，使腎臟科醫師可以不間斷的繼續進修與研究，也謀求個人生涯更寬廣的發展。