胸腔微創手術

胸腔鏡微創手術是本科的主流，在專業且經驗豐富的手術團隊執行下，絕大多數的肺癌、食道癌及縱膈腔腫瘤等切除手術均可以胸腔鏡微創手術順利完成。其優點有手術傷口小、美觀、術後疼痛少及減低因疼痛引起的併發症(如肺擴張不全及肺炎、心率不整等) 、術後恢復快、縮短術後住院天數等多項好處。現今本科每年完成胸腔微創手術約150例，包括氣胸、肺癌、食道癌及縱膈腔腫瘤等手術治療。

雖然胸腔微創手術有很多好處，但手術所切除的病灶範圍與傳統手術並無二致，所以胸腔微創手術仍屬重大手術，除了手術前謹慎的評估，如過往疾病史、服用藥物史、心臟功能檢查及肺功能檢查外，同時要進行手術前的呼吸復健訓練及麻醉前訪視等工作，如為抽菸病人更要配合戒菸；手術後需要積極的重症照護，包括適切的止痛、深呼吸的訓練、有效的咳痰、營養的補充及胸腔引流的照護，才能減少術後併發症的發生，順利康復出院恢復日常生活。

達文西機器手臂輔助胸腔鏡手術

達文西微創手術系統為目前全球最先進的微創手術系統。台灣達文西手術量近十年來成長八十七倍，以手術量及團隊合作之嫻熟度，台北醫學大學附設醫院在國內實屬前三名，目前亦逐漸廣泛運用於胸腔外科之手術，如肺癌、食道癌、縱膈腔腫瘤、重症肌無力之胸腺切除等。
達文西微創手術系統模仿人類手腕關節設計的手術器械、以及精密準確且直覺反應的操控系統，讓外科醫師進行更精膩的動作並且消除不必要的手部顫抖，透過精細的仿真手腕手術器械來執行精準的切除、修補和縫合；透過3D-HD及影像放大十倍的高解析度視野可保留重要的神經、血管、和組織器官，將手術的風險降低。 
    由於達文西獨家設計的器械具有7個自由度控制，540度靈活旋轉角度，可模仿人類雙手做旋轉、抓取、捏夾的動作，更優於傳統胸腔鏡手術器械僵直不易使用，進入人手與胸腔鏡器械無法觸及的狹小空間內進行手術。超越人手的精細與穩定度的達文西機械手臂，大幅提昇了手術的精準度與靈活度，提供病患更精細、高品質的手術治療選擇。

氣管手術

氣管腫瘤：氣管節狀切除並吻合。

支氣管冷凍治療術：

藉由液態二氧化碳冷卻系統，讓腫瘤冷凍造成腫瘤壞死，同時將腫瘤黏住，一次把較大片的腫瘤組織移除，讓阻塞的氣管再度暢通，出血量少，安全有效並同時診斷氣管內腫瘤。

支氣管內支架置放術：

藉由氣管鏡，將有記憶特性可自行張開的鎳鈦合金的支架置入氣管狹窄的區段，藉由支架將氣管打開，緩解氣管阻塞或肺塌陷症狀。

氣切手術：

氣管切開術是加護病房最常見的手術之一，目前本院已全面採用經皮擴張氣切手術，手術全程在支氣管鏡的監控下並由兩位主治醫師共同執行以減少併發症的產生，本院每年經皮擴張氣切手術量可達上百台，一般手術時間約五分鐘內即可完成，並且可在床邊直接執行，對需持續監測生命徵象的重症病患而言，不須轉送到手術室，可以減少了轉送過程中的風險。許多國外醫學報告指出，經皮擴張氣切術的優點：除手術時間短、傷口較小(約一公分)外，術中、術後併發症並無明顯提高，且術後感染及發生出血之風險較傳統氣切為低。總而言之，經皮氣管切開術，是安全且有效率的手術，可廣泛應用於加護病房需要建立人工呼吸道的病人。