臺北醫學大學附設醫院甲狀腺外科是附屬於一般外科系下的次專科，專精於甲狀腺、副甲狀腺、等內分泌疾病的外科治療，不僅著重於療效與安全性，同時注重美觀與功能的保全。

特色醫療：

1. 甲狀腺腫瘤診療與手術
2. 甲狀腺超音波檢查
3. 甲狀腺結節細針穿刺抽吸細胞學檢查
4. 甲狀腺結節粗針切片
5. 副甲狀腺機能亢進、等

本科提供的服務有：

1. 內視鏡甲狀腺微創手術 (MIVAT, Endoscopic Thyroid Surgery)
2. 甲狀腺腫瘤射頻消融手術 (RFA)
3. 內視鏡副甲狀腺微創手術 (MIVAPT)